ムーランが暮らす北魏に、遊牧騎馬民族の柔然が攻め込んできた。
父の代わりに男性と偽り戦地で功績をあげ英雄となったムーランは、故郷に戻ってからも男装のまま正体を隠し生活をしていた。
再び戦地に赴いたムーランは城を守る皇帝の息子である将軍を救い出すが、自らは包囲され捕虜となってしまう。
敵陣で捕虜となっても持ち前の勇敢さ、利発さ、公正さで柔然の可汗（ハーン）の娘や一族からも一目を置かれるムーラン。
そんな中、柔然内で可汗に反抗的な武将・坤鵬（コンホウ）の策略で内乱が起き、可汗は暗殺されてしまう。
暗殺の混乱に乗じて敵陣を脱出。だがムーランは坤鵬の嘘により暗殺犯に仕立てられてしまう。
柔然は戦から民を救いたければムーランを差し出すよう条件を出す。
無駄な犠牲を避けるため、真実を知るムーランはひとり敵陣に出向き、真犯人の坤鵬と一騎討ちをすることに・・・